知能を強化されたクジラの群に包囲された南の孤島。島にある研究所からの要請を受け、電子戦による事態解決のため潜量士のナギが派遣される。島に到着して間もなく、ナギは不思議な歌をうたう少女を見かける。更にその夜、浜に一頭のクジラが打ち上げられる。やがてナギは、事態の裏に隠された真実を知ることになる。