花山田乙女は小学六年生の女の子。かっちり三つ編み、メガネの見た目は糞真面目。真面目だからという理由で学級委員長を任されてしまい、憂鬱な日々を過ごしていた。お隣にいきなり越してきた不思議な甲賀家の男の子、甲賀忍太郎が戦国小学校の同じクラスに転入してきてから、乙女の小学校ライフがはちゃめちゃなことに。