風、炎、水、闇、光、そして破壊の六神が世界を創造し、四つの神歴を経た九千年後――五代目破壊神――黒髪黒眼の少女、レイム・レギレスは両親とは離れた地上で生きて十二年が経ち、自分が同族から嫌われていることは薄々分かっていた。他の神より強大な力を持っているから、三千年前の世界大戦が……。新時代《第五神歴》になっても世界は相変わらず、魔王の脅威に晒され、破壊の領域にもその侵攻は向き、実戦ができると舞い上がったが、その魔王軍は何かが違い、そして人間の勇者が来訪したことで転機が訪れる。レイムは『悪いと思われているなら、良いことをしたい』という思いから勇者を協力するが、まさか向こうから接触を受け、破壊神の秘密を知らされて……一つの秘密から広がる世界から宇宙へ、最も巨大にして強大な敵に立ち向かい、レイム達は悪を倒す。