超大国であるミネア帝国が統治する時代。カリアス王国の山間の寒村・クランヒルに暮らす少女、シェルティア・スノウズは税の取り立てなどに追われながらも両親や友人らと健気に小麦を作って生活をしていた。そんなある日の晩、人と動物の体が合わさった獰猛な獣・『ネメシス』がクランヒルに現れ、シェルティアと家族も襲われる。シェルティアは両親を守る為に村にいるネメシスを全て倒したが、シェルティアと両親以外の村人は全てネメシスに殺され、シェルティアは悲しみに沈む。そんな折、遠征途中の帝国軍が村に立ち寄り、シェルティアがネメシスを倒したことを聞くと、帝国軍の少佐はシェルティアにネメシス討伐専門機関『アイギス』に強引に勧誘し、シェルティアも承諾する。家族は村を守る為に残り、シェルティアは一人帝都へと旅立つ。