神出鬼没の謎の美少女エリーゼ。彼女の正体は王国騎士団情報部所属・『姫騎士』エリオット・ハミルトンが女装した姿だ。　彼は貴族の家に生まれ、また現国王の乳兄弟という恵まれた環境で育つ。しかし特異体質のせいで少年時代に身体の成長が止まってしまうという不幸に見舞われた。　エリオットは騎士には不向きなその小さな身体を逆に利用し、女に姿を変えてスパイ活動を行うことを決意する。　仲間たちと大小さまざまな事件を解決していくうち、エリオットは世界をひっくり返そうとする巨大な陰謀を知り、その巨悪と戦うこととなる。