資源不足の時代を、人間の生体転用と食人文化によって生き残り、再び繁栄を取り戻した未来の日本。人を資源とする手法のために周りから人がいなくなっていくことに悲しんだ麻也際善次（まやぎわぜんじ）は、生物工学の研究者として上り詰め、いなくなってしまう魂たちを残す道を探し続けていた。そこに倫理監察官、琴永糸雲（ことながしくも）が現れ、いなくなった人たちを探しながら、彼らに関係する事件を捜査するよう依頼。依頼を受けた善次は、事件を追いながら失われた彼らを脳内に復活させてゆく――。