赤星大河は見知らぬ部屋で目を覚ます。そこは地下のシェルターの中で三百五十年後の未来だった。外の世界、東京は緑の化け物である緑怪に侵略され滅んでいる。お助けAIのぷーすけの話では、緑怪に対抗するために助けが必要だと言う。同じくコールドスリープから目覚めさせられた、豪志と錬と共に大河は武器を取る。訓練をして何とか戦えるようになるものの、奪われた司令塔を取り戻そうと潜入した先で意外な敵が待ち受けていた。